船舶衛(wèi)生證書是國際航行船舶必須具備的衛(wèi)生證書，取代了之前作廢的《除鼠證書/免予除鼠證書》。該證書的內(nèi)容包含病媒生物防控、環(huán)境衛(wèi)生監(jiān)督、醫(yī)療設(shè)備維護等衛(wèi)生方面情況的檢查。這些檢查的工作規(guī)范是依據(jù)世界衛(wèi)生組織《國際衛(wèi)生條例（2005）》《中華人民共和國國境衛(wèi)生檢疫法實施細(xì)則》等法律法規(guī)所制定的。

申請船舶衛(wèi)生證書的過程中，船方主動申請辦理或海關(guān)在檢疫查驗過程中發(fā)現(xiàn)不具備有效船舶衛(wèi)生證書的船舶，應(yīng)由其負(fù)責(zé)人或代理人填寫《船舶免予衛(wèi)生控制措施證書/船舶衛(wèi)生控制措施證書申請書》，向海關(guān)申請辦理。海關(guān)在接受申請后，根據(jù)船舶類型、靠泊時間、在港作業(yè)計劃等情況合理安排檢查時間和地點，組成檢查小組。

船舶現(xiàn)場衛(wèi)生檢查是一個全面的過程，包括查閱文件、直觀檢查、儀器檢測等形式對船舶衛(wèi)生狀況進行全面檢查和評估。檢查內(nèi)容包括船員和旅客的健康狀況，廚房、食品儲藏室和倉庫的衛(wèi)生狀況，飲用水的來源和質(zhì)量，住艙區(qū)及甲板的衛(wèi)生狀況，醫(yī)療設(shè)施的配備和管理，貨艙（貨物）的衛(wèi)生狀況，垃圾、固體和醫(yī)療廢棄物、排泄物的處理，機艙的衛(wèi)生狀況，壓艙水的管理，以及其他可能存在的衛(wèi)生問題。

根據(jù)檢查結(jié)果，有下列情形之一的，必須實施衛(wèi)生控制措施，簽發(fā)《船舶衛(wèi)生控制措施證書》：發(fā)現(xiàn)傳染病病人；發(fā)現(xiàn)鼠患，或其他媒介生物超過控制標(biāo)準(zhǔn)的；發(fā)現(xiàn)化學(xué)、生物、核輻射污染證據(jù)；發(fā)現(xiàn)有證據(jù)表明存在其他公共衛(wèi)生風(fēng)險，海關(guān)認(rèn)為需要實施衛(wèi)生控制措施的。對沒有上述情況的船舶免予實施衛(wèi)生控制，簽發(fā)《船舶免予衛(wèi)生控制措施證書》，同時應(yīng)將檢查中發(fā)現(xiàn)的問題及改進意見在證書上標(biāo)注或告知船方。

船舶衛(wèi)生證書的最長有效期為6個月。如不能在港口進行檢查或執(zhí)行必要的控制措施，而且未發(fā)現(xiàn)感染或污染的證據(jù)，則可在原《船舶免予衛(wèi)生控制措施證書》上加蓋延期章，將其有效期延長1個月。船舶衛(wèi)生證書的所有項目應(yīng)填寫齊全、規(guī)范，并有授權(quán)簽字人簽名和海關(guān)檢驗檢疫中英文簽證章。證書正本交給船方，副本、申請書、檢查記錄等資料由海關(guān)歸檔，歸檔期限為1年。

船方向交通工具進出口岸海關(guān)審批窗口提交所需書面材料，現(xiàn)場辦理。海關(guān)現(xiàn)場檢查一次，檢查合格后簽發(fā)船舶免予衛(wèi)生控制措施證書；如發(fā)現(xiàn)公共衛(wèi)生風(fēng)險證據(jù)，則采取控制措施并進行復(fù)查，合格后簽發(fā)船舶衛(wèi)生控制措施證書。此項服務(wù)不收費。